Dalai Lama trở về Tây Tạng từ Ấn Độ vào tháng 7 năm 1912 (sau khi nhà Thanh sụp đổ), ông trục xuất tất cả các Đại Thần và binh lính Trung Hoa [63]. Năm 1913, Dalai Lama ban hành một tuyên ngôn nói rằng:

"…Mối quan hệ giữa các Hoàng đế Trung Hoa và Tây Tạng luôn là mối quan hệ giữa người bảo trợ và thầy tu chứ không phải là sự phục tùng… Chúng tôi là một đất nước nhỏ, mộ đạo, và độc lập… [64]"

Trong 36 năm tiếp sau đó, Tây Tạng tận hưởng nền độc lập trên thực tế trong khi Trung Quốc trải qua thời kỳ quân phiệt, nội chiến và chiến tranh thế giới lần thứ hai. Một số nguồn từ Trung Quốc khẳng định rằng Tây Tạng vẫn là một phần của Trung Quốc trong thời kỳ này [65]. Có một cuốn sách xuất bản năm 1939 bởi một nhà Hán học người Thụy Điển viết về cuộc chiến ở Trung Quốc, cho thấy Tây Tạng vẫn nằm trên bản đồ của Trung Quốc, chính phủ Trung Quốc luôn cố gắng khẳng định điều này trong những năm 1930 [66]. Hoa Kỳ cũng nhìn nhận Tây Tạng như một tỉnh của Trung Quốc trong thời kỳ này như đã thấy trong tập phim tài liệu "Why We Fight #6, The Battle of China", sản xuất bởi Bộ Chiến tranh Hoa Kỳ vào năm 1944 [67]. Một số học giả khác cho rằng Tây Tạng rõ ràng là một chủ thể độc lập sau hiệp ước Mông-Tạng năm 1913, vì trước đó Mông Cổ đã được Nga công nhận nền độc lập [68].

Những năm 1913-1949, Tây Tạng tiếp tục có rất ít liên hệ với thế giới bên ngoài, mặc dù có những đại diện của Anh đóng quân tại Gyantse, Yatung và Gartok sau Nhiệm vụ của Younghusband. Những "Đại lý thương mại" tại Lhasa khi ấy thực ra chỉ là những đại diện ngoại giao của chính phủ Anh tại Ấn Độ. Vào năm 1936-37, người Anh chính thức thiết lập nhiệm vụ ngoại giao cho phái đoàn này sau khi phía Trung Quốc cử một "phái đoàn chia buồn" tới Lhasa sau khi Dalai Lama thứ 13 qua đời, trên thực tế cũng là một phái đoàn ngoại giao của Trung Hoa Dân Quốc. Sau năm 1947, nhiệm vụ ngoại giao này được chuyển giao cho chính phủ Ấn Độ độc lập mới được thành lập, dù đại diện cuối cùng của Anh quốc là Hugh Richardson vẫn lưu lại tại Lhasa và làm việc cho Ấn Độ cho tới năm 1950.

Cả Anh quốc và Trung Quốc đều ủng hộ Tây Tạng tách biệt với thế giới, không một người nước ngoài nào tới Lhasa kể từ khi Younghusband rời đi vào năm 1904 cho đến khi một nhân viên điện báo đi tới vào năm 1920 [69]. Chỉ có khoảng 90 người châu Âu và Nhật Bản ghé thăm Lhasa trong những năm 1920-1950, chủ yếu là các nhân viên ngoại giao của Anh [70]. Rất ít chính phủ ghi nhận quan hệ ngoại giao thông thường với Tây Tạng [cần dẫn nguồn].

Vào năm 1914 chính phủ Tây Tạng đã ký hiệp ước Simla với Anh quốc, nhượng một số khu vực nhỏ tại sườn phía nam dãy Himalaya cho Ấn Độ thuộc Anh. Chính phủ Trung Quốc tố cáo rằng hiệp ước này là bất hợp pháp [71][72]. Năm 1932, Quốc dân Cách mệnh quân, tập hợp của các binh sĩ người Hán và người Hồi, lãnh đạo bởi Mã Bộ Phương và Lưu Văn Huy đã đánh bại quân đội Tây Tạng trong chiến tranh Trung Quốc-Tây Tạng, khi Dalai Lama thứ 13 cố gắng chiếm đóng các khu vực tại Thanh Hải và Tây Khang. Báo cáo nói rằng chính phủ Trung Quốc ủng hộ trận chiến này, mong muốn nhanh chóng giải quyết "tình hình Tây Tạng" do người Nhật vừa chinh phục Mãn Châu trước đó, họ cảnh báo người Tạng không được vượt sông Kim Sa [73]. Một hòa ước đã được ký kết thúc chiến trận [74][75]. Dalai Lama đã cầu viện người Anh tại Ấn Độ sau khi bị đánh bại, và giáng chức các sĩ quan đã đầu hàng trong trận chiến [76].